Алексей Юрьевич Герман родился в Ленинграде в семье писателя Юрия Павловича Германа и Татьяны Александровны Риттенберг. Будущая мама, прекрасно осознавая в какое время придется жить ее ребенку, неоднократно пыталась искусственно прервать незапланированную беременность. Она прыгала со шкафа и поднимала тяжести. Попытки оказались напрасными: сын очень хотел жить. 20 июля 1938 года Алексей Герман появляется на свет.
Закончив школу в пятнадцать лет, Герман подает документы на режиссерский факультет Ленинградского театрального института им. Островского. Делает он это без охоты, уступив просьбам отца. Сам же Алексей совсем не предполагал связывать свою жизнь с искусством, он очень хотелось стать врачом. Тем не менее выдержав три тура экзаменов и пройдя собеседование, Алексей Герман поступил в институт, в мастерскую Александра Музиля.
Первым самостоятельным спектаклем Алексея Германа стала сказка «Мал, да удал». Ее Герман поставил в Смоленском драмтеатре. В 1960 году, еще будучи студентом режиссер начинает сотрудничать с Георгием Александровичем Товстоноговым в Большом драматическом театре им. Горького. В БДТ Герман поставил первый спектакль на малой сцене — украинскую музыкальную комедию «Фараоны». Также Алексей Юрьевич был сопостановщиком на спектакле «Поднятая целина». Плодотворно проработав с Товстоноговым несколько лет, Алексей Герман решает из уйти, чтобы сохранить себя как самостоятельно мыслящего режиссера.
В 1964 Алексей Герман идет работать на киностудия «Ленфильм». Сначала в качестве помощника режиссера у Владимира Яковлевича Венгерова, на картине «Рабочий поселок», затем в качестве сорежиссера Григория Аронова на картине «Седьмой спутник».
В 1968 году Герман должен был запуститься с первой самостоятельной картиной по мотивам романа братьев Стругацких «Трудно быть богом». Но после событий «Пражской весны» на сценарий фильма был наложен запрет.
В 1971 году Алексей Юрьевич Герман заканчивает работу над фильмом под названием «Операция «С Новым годом!», снятым по повести отца, Юрия Павловича Германа. Дебютная картина легла на полку на пятнадцать лет и вышла в прокат только в 1985 году под измененным названием «Проверка на дорогах». В 1988 году фильм получает Государственную премию СССР.
«Объяснять, за что запретили «Проверку», бессмысленно. Потому что ее запретили за все. За все! За Ролана Быкова. За то, что он в тазике стоит. За «абстрактный гуманизм». За жалость к людям, в жестоких, чудовищных обстоятельствах проявившим слабость и сдавшимся в плен». Алексей Герман. Интервью Российской газете.
Второй самостоятельной режиссерской работой Алексея Германа и первой его картиной, дошедшей до зрителей, стала лента «Двадцать дней без войны». Если бы за фильм не понравившийся чиновникам из Госкино не вступился маститый советский писатель Константин Симонов, повесть которого легла в основу картины, «Двадцать дней без войны» в 1976 году ни за что бы не вышла. В 1986 году и этот фильм Германа получает премию.
«Симонов спрашивает одного из киноначальников: «Ну, как вам моя картина?» Он так и сказал — «моя». Тот отвечает: «Тяжелый случай». Симонов: «Да-да, картина тяжелая, но хорошая». Он, когда ему требовалось, умел сделаться «глухим». Тот ему громче: «Я говорю — тяжелый случай». Симонов: «Да-да-да, картина очень тяжелая, но очень хорошая». И вот, ведя такой диалог, они вместе удалились в кабинет. Через какое-то время Симонов вынес оттуда акт о приемке». Алексей Герман. Интервью Российской газете.
Людмила Гурченко и Юрий Никулин в фильме "Двадцать дней без войны"
В 1979 году Алексей Герман приступает к съемкам фильма по повести своего отца «Начальник опергруппы» о работе отдела уголовного розыска города Унчанска в 30-е годы. По словам режиссера «главным была не детективная интрига, не любовная история, а само то время. О нем мы и делали фильм. Передать его — было нашей самой главной и самой трудной задачей». Как и прежние картины режиссера этот фильм Германа ожидала непростая судьба. Фильм вышел на экран в 1984 году минимальным количеством копий под названием «Мой друг Иван Лапшин». После его выхода в газетах появилась серия публикаций о «Лашине который так и не стал другом».
В 1990 году Алексей Герман организовал Студию первого и экспериментального фильма (СПиЭФ). Он же является ее художественным руководителем.
В 1998 году выходит последняя на сегодняшний день картина Алексея Германа «Хрусталев, машину!». Отношение к этому фильму как правило резко полярное. Фильм попал в конкурсный показ в Канны и был там не понят и освистан. Критики характеризовали картину как мрачное и тягостное нечто. Вскоре после конкурса мировая кинообщественность начала ленту отчаянно хвалить. Фильм был включен в список 100 лучших кинокартин XX века.
В том же 1998 году Алексею Юрьевичу Герману присвоено звание народный артист России, вручен орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени и премии имени Владимира Высоцкого и Сергея Довлатова. Орден почета «За большой вклад в развитие отечественного кинематографа и многолетнюю творческую деятельность» был получен Алексеем Германом в 2008 году.
В 1998 году Герман начал вести режиссерскую мастерскую на Высших курсах сценаристов и режиссеров.
В 2000 году Алексей Герман приступил к съемкам картины по роману братьев Стругацких «Трудно быть богом». В процессе работы лента несколько раз меняла название, но в итоге было решено вернуться к первоначальному придуманному Стругацкими названию. Работа над фильмом из-за проблем с финансированием несколько раз надолго останавливалась, потом возобновлялась вновь. Время шло, актеры заметно старели и некоторые умирали, а Герман продолжал, не изменяя себе, снимать свою последнюю картину. Съемки завершены, заканчивается кропотливая работа над озвучиванием картины. В начале 2014 года лента выйдет в прокат. Алексей Герман до премьеры не дожил.
На 75-м году жизни 21 февраля 2013 года Алексей Герман скончался в Санкт-Петербурге от почечной недостаточности. Великий режиссер похоронен на Богословском кладбище.
Мировая премьера картины «Трудно быть богом» состоялась 13 ноября 2013 года в рамках Римского кинофестиваля. В Риме Алексея Германа посмертно наградили премией «Золотая Капитолийская волчица» за вклад в киноискусство.
